La variabilidad de altitudes existentes en el municipio, provocan dos tipos de clima y dos micro-climas o subgrupos climáticos en función de la precipitación pluvial, temperatura y presión atmosférica de cada lugar.

Los climas principales son:
» Calido-húmedo, de 300 a 800 m.s.n.m; en esta altitud existe un microclima localizado a partir de Tulancinguillo a la parte baja del tabacal y corre por la Chiveria hasta el río San Marcos.

» Semi-calido-húmedo, de 800 a 1155 m.s.n.m, en esta altitud se localiza otro microclima a partir de la parte oriente del cerro de Xicotepec, hacia la Xochipila y corre al rumbo de los Perales-Duraznotla-Cerro Mextepetl-La Rivera-San Agustín Atlihuacan y es de temperamento templado-húmedo.

La temperatura media anual en el municipio es de 20°C y la máxima extrema es de 22°C, la mínima extrema es de 4°C. Llueve todo el año; el periodo de lluvias mas intenso se presenta de junio a octubre; en el otoño e invierno, son frecuentes los nortes y la neblina con lluvia fina que satura los suelos de humedad.

Días del año con tormentas eléctricas, de 20 a 50 días, días del año con heladas,0 a 5; el mes de enero es el de máxima ocurrencia de heladas. La precipitación mensual anual promedio es de 2946.4 m.m.: Enero 63.1; Febrero 54.0; Marzo 73.9; Abril 78.2; Mayo 153.8; Junio 460.3; Julio 528.3; Agosto 491.3; Septiembre 555.0; Octubre 279.3; Noviembre 138.4; Diciembre 70.0. En la cabecera existen varios manantiales que se conocen con el nombre de: la concha, duraznotla, los pescaditos, los tezontles, los lavaderos, el tarro, buena vista, tejería, la Xochipila, la rivera y el de la poza de los caballos, menos este, los otros manantiales contribuyen al aumento del caudal de los arroyos intermitentes que cruzan la cuidad y siguen por su cause natural hasta desembocar en la depresión de la Xochipila.

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